殺菌的原理是在一定溫度范圍內，溫度越低，細菌繁殖越慢;溫度越高，繁殖越快。但溫度太高，細菌就會死亡。不同的細菌有不同的生長溫度和耐熱、耐冷能力。巴氏消毒其實就是利用病原體不是很耐熱的特點，用適當?shù)臏囟群捅貢r間處理，將其全部殺滅。但經巴氏消毒后，仍保留了小部分無害或有益、較耐熱的細菌或細菌芽孢。

巴氏殺菌機的原理是巴氏消毒法，它是由法國微生物學家巴斯德發(fā)明的冷殺菌法，是一種利用較低的溫度既可殺死病菌又能保持物品中營養(yǎng)物質風味不變的消毒法。

一般微生物生長的適宜溫度為28℃—37℃，溫度太高，細菌就會死亡。就是一種是將牛奶等食品加熱到60~65℃，保持30分鐘殺菌，然后將溫度急速冷卻到4-5℃進行保存。這種殺菌，多用于牛奶等，既能將病原菌殺死，也可減少營養(yǎng)損失。但這種消毒方法，不能殺死所有細菌和微生物，因此保質時間很短。