醫(yī)院污水中含有一些特殊的污染物，如藥物、消毒劑、診斷用劑、洗滌劑，以及大量病原性微生物、寄生蟲卵及各種病毒。
    目前，醫(yī)療污水處理設備醫(yī)療廢水的處理工藝，主要由一級沉淀消毒處理和二級生化消毒處理工藝。醫(yī)療污水處理設備具體處理工藝可根據出水要求進行選擇。當處理廢水可排入城市污水管網時，采用一級處理，要求直接排放時，采用二級處理工藝。當采用一級處理流程時，醫(yī)院污水應與職工生活區(qū)污水、雨水分流，僅對醫(yī)院污水進行消毒處理；當采用二級或深度處理流程時，根據需要，職工生活區(qū)污水可與醫(yī)院污水河流進行處理，但廚房用水必須設隔油井（池）。醫(yī)療污水處理設備根據醫(yī)院污水的特點，一般采用*成熟的“厭氧水解+生物接觸氧化+消毒”的工藝。
    厭氧水解和生物接觸氧化工藝的結合使用能使污水中的有機物得到較大限度的降解，二氧化氯消毒系統(tǒng)則讓污水的毒性大大降低至安全值以下。傳染病醫(yī)療機構和結核病醫(yī)療機構污水處理宜采用二級處理+消毒工藝（或深度處理+消毒工藝）；綜合醫(yī)療機構污水排放執(zhí)行排標準時，醫(yī)療污水處理設備宜采用二級處理+消毒工藝（或深度處理+消毒工藝），執(zhí)行預處理標準時宜采用一級處理或一級強化處理+消毒工乙。